Из положений п. 7 ст. 226 НК РФ следует, что налоговые агенты - российские организации, которые имеют обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные с доходов работников суммы НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.

Финансовое ведомство разъяснило, как следует поступать работодателю, если в течение месяца работник часть времени трудится в головном офисе, а часть времени - в обособленном подразделении организации (письмо от 21.09.2011 № 03-04-06/3-231). По мнению Минфина России, НДФЛ с доходов такого работника необходимо перечислять в соответствующие бюджеты и по месту нахождения головной организации, и по месту нахождения обособленного подразделения с учетом отработанного времени. При этом место жительства физического лица и место заключения договора с ним значения не имеют.

Ранее подобную точку зрения финансовое ведомство высказывало применительно к НДФЛ с доходов сотрудника, работающего в течение месяца в нескольких обособленных подразделениях организации (письмо от 05.06.2009 № 03-04-06-01/128).